凤眼莲喜欢在向阳、平静的水面，或潮湿肥沃的边坡生长。在日照时间长、温度高的条件下生长较快，受冰冻后叶茎枯黄。
每年4月底5月初在历年的老根上发芽，至年底霜冻后休眠。在水质符合、气温适当、通风较好的条件下株高可长到50cm，一般可长到20～30cm，如漂浮到沼泽地的边坡，潮湿的岸边株高只有10～20cm。凤眼莲萌蘖非常快，母株仲春发芽后长到6～8片叶就开始萌发下代新苗。先是小苗长出两片叶，紧接着长出主根（肉根），随着叶片增多，主根增长，伸到不影响母株的水面生长。生长较壮的母株一次可分蘖4～5株新苗，因此繁殖非常快。
凤眼莲在长江中下游每年8月至10月开花，花期较长。每茬花4～5天，第一茬花谢后4～5天，本株又开第二茬花，共开两至三茬。生长良好的大秆花穗有花苞15～18朵，最少的有三朵以上。开花时平均温度25℃，漂泊在沼泽边坡，潮湿岸边生长的极易开花，比水中浮生的多开一至两年。
每穗约5～10朵花。
喜高温湿润的气候。一般25～35℃为生长发育的最适温度。39℃以上则抑制生长。7～10℃处于休眠状态；10℃以上开始萌芽，但深秋季节遇到霜冻后，很快枯萎。耐碱性，pH值为9时仍生长正常。抗病力亦强。极耐肥，好群生。但在多风浪的水面上，则生长不良。花期长，自夏至秋开花不绝。
研究水葫芦的文献显示，除了被垃圾渗滤污水毒害致死的个别报道外，水葫芦几乎在任何污水中都生长良好、繁殖旺盛。不仅如此，它还可以富集各种污染物质：从生活废水中的有机污染物，到工业废水中的重金属、稀土元素，到农田汇入的农药污染物，水葫芦几乎是来者不拒，一一吸纳。
这几乎是一个完美的水质净化者，除了一个缺点：它只负责将污染物收集起来，但是并不负责将所有污染物降解掉。毒素依然存在，只不过转移了地点。
凤眼莲对其生活的水面采取了野蛮的封锁策略，挡住阳光，导致水下植物得不到足够光照而死亡，破坏水下动物的食物链，导致水生动物死亡。同时，任何大小船只也别想在水葫芦的领地里来去自由。不仅如此，凤眼莲还有富集重金属的能力，凤眼莲死后腐烂体沉入水底形成重金属高含量层，直接杀伤底栖生物。正可谓三位一体式的灭绝战术！