眼子菜是多年生水生草本。根茎发达，白色，直径1.5-2毫米，多分枝，常于顶端形成纺锤状休眠芽体，并在节处生有稍密的须根。茎圆柱形，直径1.5-2毫米，通常不分枝。浮水叶革质，披针形、宽披针形至卵状披针形，长2-10厘米，宽1-4厘米，先端尖或钝圆，基部钝圆或有时近楔形，具5-20厘米长的柄；叶脉多条，顶端连接；沉水叶披针形至狭披针形，草质，具柄，常早落；托叶膜质，长2-7厘米，顶端尖锐，呈鞘状抱茎。穗状花序顶生，具花多轮，开花时伸出水面，花后沉没水中；花序梗稍膨大，粗于茎，花时直立，花后自基部弯曲，长3-10厘米；花小，被片4，绿色；雌蕊2枚（稀为1或3枚）。果实宽倒卵形，长约3.5毫米，背部明显3脊，中脊锐，于果实上部明显隆起，侧脊稍钝，基部及上部各具2凸起，喙略下陷而斜伸。花果期5-10月。2n=52。
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