马莲多年生草本，高40-60cm。根茎木质化，粗壮，斜升，近地面有大量呈纤维状的老叶叶鞘。须根粗长，黄白色。叶簇生，坚韧，近于直立；叶片条形，长40-50cm，宽4-6mm，先端渐尖，全缘，基部套褶；无中脉，具多数平行脉。花茎先端具苞片2-3片，内有2-4花；花梗长3-6cm；花浅蓝色、蓝色、蓝紫色，花直径5-6cm，花被裂片6，2轮排列，花被上有较深色的条纹；雄蕊3，花药黄色；子房长3-4.5cm，直径1-1.4cm，花柱分枝扁平，拱曲，先端2裂。葫果长圆柱状，长4-6.3cm，直径1-1.3cm，有明显的6条纵棱，先端具喙。种子为不规则的多面体，黑褐色。花期5-7月，果期6-9月。
马莲既可种子繁殖，又可分株繁殖。播种繁殖在春季、夏季和秋季均可进行。 播种前先对种子进行浸种，一般可用30-40摄氏度的温水浸泡24小时，可缩短种子出苗期，种子发芽的适宜温度范围在15-30摄氏度之间，在适宜的土壤水分、温度条件下播种约25天开始萌动发芽，35天开始破土出苗，播种量一般每亩4-5kg，马莲播种当年就可形成繁茂的植被，春播当年可分蘖，第三年开花，并可结实。若用成株进行分株繁殖，在春季花后、夏季、秋季均可进行，分根成活率很高，一般每隔2-4年进行一次，新苗生长迅速，管理也较粗放。